На 6 юни 1941 година, 16 дена преди началото на войната, на немските войки е издадена заповед да разстрелват съветските политически комисари на място. Започнала негласната евакуация на партийното ръководство на Литовската ССР.
Окупацията на Литва от нацистка Германия е окупация на територията на Литовската ССР от войките на нацистка Германия (Третия райх) и нейните съюзници в периода от 22 юни 1941 година до 28 януари 1945 година по време на Великата Отечествена война.
На първия етап някои литовци възприели немците като освободители от «съветския репресивен режим». В надеждата да възстановят независимисотта и автомията си някои литовци организирали Временно правителтство. Скоро тяхното отношение към немците се влошило, защото нацистите считали литовците за една от низшите раси и ги екстплоатирали с цел военните и икономическите интереси на Третия райх. В периода на окупацията загинали 370 хиляди жители на Литва, в това число 190 хиляди литовски евреи.