На 4 март 1942 г. „демократичното“ правителство на монархо-фашистката диктатура в България арестува Никола Вапцаров заради участие във военната организация на комунистическата партия.
Заедно с него, след продължителни агентурни действия, полицията на диктаторския капиталистически режим извършва арести на над 750 комунисти и безпартийни нелегални. Впоследствие около 60 от тях стават подсъдими по делото, станало известно като процес срещу ЦК на БРП. Повдигнати са им обвинения по реда на ЗЗД – за сътрудничество и помагателство на терористична група, финансирана от чужда държава във време на война, и за организиране на дейност, целяща насилствена промяна на установения държавен ред в Царство България, както и за подривна дейност срещу съюзническите немски войски.
Вапцаров е подложен на жестоки мъчения и е принуден да признае за част от нелегалната си дейност. При обиск в дома му са открити пистолет, шифровани записки, агитационни материали и други доказателства, уличаващи го в конспиративна дейност.
На 6 юли 1942 г. започва процесът. Протоколът от откритото заседание на Софийския военен съд от 6 юли 1942 г. показва, че пред съда Вапцаров се отрича от показанията си, дадени при разследването.
Цар Борис III отказва да помилва Никола Йонков Вапцаров.
На 23 юли той е осъден на смърт и още същата вечер бива разстрелян, заедно с Антон Иванов, Антон Попов, Петър Богданов, Георги Минчев, Атанас Романов на Гарнизонното стрелбище в София.